在有機肥料生產線中，肥料只有經過發酵才能形成，發酵過程中經常會產生異味。因此，有機肥生產線的企業會對發酵過程進行除臭，方法有以下有幾個：
1生物發酵除臭菌的應用在畜禽糞便等有機物料的堆肥、發酵和分解過程中，生物發酵脫臭菌能對惡臭物質進行全過程的分解和轉化。使用這類產品，一般在48小時左右就能消除異味。長期使用生物發酵除臭菌可顯著降低或消除有機肥生產企業的異味。
2密閉發酵加工車間及除臭裝置安裝 密閉發酵加工車間，防止臭氣外溢。發酵加工車間一側設有多臺進風機，使新鮮空氣進入車間，發酵加工車間另一側設有多臺排風機。每臺排風機連接一根排氣管，將車間排出的氣體通過排氣管進入固體或液體生物過濾器。因為活性生物除臭菌是預先擠入固體或液體生物濾池的。
3遠離居民區的密封運輸或生產有機肥造粒機生產企業在建廠前必須多方面考慮，盡量遠離居民區或工業區。
