隨著農業現代化的不斷發展，有機肥在農業生產中的作用被重新強調。有機肥生產的農產品口感好，能有效保持果蔬特有的營養和口感。有機肥不僅可以防止生態環境的惡化，改善環境質量，而且在農業生產中發揮著巨大的作用。
土壤中95%的微量元素以不溶態存在，不能被植物吸收利用。微生物代謝產物中含有大量的有機酸。就像在冰中加入熱水一樣，它們能迅速溶解植物體內的鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵等微量元素，成為植物可以直接利用的礦物質，大大提高了土壤的供肥能力。有機肥能增加土壤有機質含量，降低土壤的黏結性，保持砂土水分較好的肥力，從而形成穩定的土壤團聚體結構，起到很好的協調肥力供應的作用。施用有機肥后，土壤會變得疏松肥沃。
糞便進入有機肥發酵罐后，在好氧菌的作用下，約7天發酵完成，釋放的熱量使發酵溫度迅速上升。利用畜禽糞便中的有機質和殘留蛋白質，在一定溫度、濕度和充足氧氣條件下，能快速繁殖，有效殺滅蟲卵、病原體和雜草種子，達到無害化、減量化處理標準，生產出優質肥料，帶來可觀的效益，為人類環境工程做出了巨大貢獻。
